Библиотека организована в мае 1932 года и с момента возникновения располагается в историческом центре г. Перми, в здании бывшей мужской классической гимназии.
С 1932 г. до 1949 г. библиотекой заведовал Леонид Иванович Морозов. Первые библиотечные работники – Р.В. Остроумова, М.А. Минюхина, Н.И. Тюрина, С.И. Шаламова. Основой фонда послужили книги, полученные из Пермского педагогического института, ранее переданные из классического университета.
С 1949 г. в течение 10 лет библиотекой руководила Анна Ивановна Фукалова. С 1959 по 1976 гг. библиотеку возглавляла Валентина Михайловна Владимирова. С 1976 по 1998 гг. заведующей библиотекой была Галина Александровна Пысина.
С конца 2003 г. начался новый этап развития библиотеки, связанный с освоением инновационных технологий.
В 2005 г., учитывая большой вклад библиотеки в обеспечение научного процесса, решением Ученого совета ПГМА библиотеке присвоен статус «научная».
В апреле 2005 г. состоялось открытие отдела электронной медицинской информации.
Общий фонд научной библиотеки насчитывает более 510 000 единиц хранения. Фонд включает учебную и научную литературу, в т.ч. диссертации, авторефераты диссертаций, дореволюционные издания по медицине, периодические издания, художественную литературу и издания на электронных носителях.
Книгообеспеченность учебного процесса полностью соответствует предъявляемым требованиям.
С 2012 г. на базе научной библиотеки предоставляется доступ к различным полнотекстовым электронным ресурсам, в т.ч. зарубежным.
Предоставляется круглосуточный защищенный полнотекстовой доступ к ЭБ «Консультант студента» издательской группы «ГЭОТАР-Медиа» и к электронной базе данных и информационной системе поддержки принятия клинических решений «ClinicalKey», включающей англоязычные монографии, пособия и видеоролики по всем медицинским специальностям.
В 2017 г. подписано «Положение об интегрированной информационно-библиотечной системе научно-образовательного медицинского кластера «Средневолжский» Приволжского федерального округа». По Положению предоставляется возможность использования произведений преподавательского состава и научных работников медицинских вузов Казани, Ижевска, Кирова, Нижнего Новгорода, Перми и Ульяновска.
С 2013 г. ведется электронный каталог научной библиотеки.
Научная библиотека обслуживает по единому читательскому билету около 6 000 пользователей.
В библиотеке проводятся мероприятия разного формата, например, прошедший в рамках XV городского конкурса социально значимых проектов «Город – это мы» молодежный арт-марафон.
Научная библиотека координирует свою деятельность с другими библиотеками как с целью изучения и внедрения инноваций, так и с целью улучшения библиотечного и библиографического обслуживания всех категорий пользователей. В частности, имеется «Соглашение о сотрудничестве», в рамках которого обучающимся и научно-педагогическим работникам предоставляется доступ к библиотечным фондам и информационным ресурсам через систему читальных залов научных библиотек государственных вузов г. Перми.
Общая площадь библиотеки составляет 1030 м2, количество посадочных мест 45. ВУЗ подключен к ЭБС "Консультант студента", где имеется версия для слабовидящих,возможность прослушивания книг с помощью синтезатора речи.