Кафедра проводит последипломное обучение врачей на бюджетных и внебюджетных циклах в системе непрерывного постдипломного образования по специальностям «хирургия», «торакальная хирургия», «сердечно-сосудистая хирургия», «эндоскопия», «онкология», «колопроктология». Разработаны циклы 144 часа и 36 часов. Кроме того, кафедра проводит переподготовку врачей-терапевтов по общей хирургии.
На кафедре обучаются ординаторы по специальностям «хирургия», «торакальная хирургия», «сердечно-сосудистая хирургия».
На базе ФЦССХ проводятся занятия со студентами 5 курса педиатрического факультета по врожденным порокам сердца у детей, клиника, диагностика, варианты хирургической коррекции, диспансерное наблюдение.